כדי להגן על התפילין מפני נזקים העלולים לפסול אותן יש לשמור עליהן היטב מפני רטיבות וחום. לחות ורטיבות עלולים לפגוע בבתים, בפרשיות ובכתב ואילו חום עלול להזיק גם לצבע של התפילין. מאד לא מומלץ להניח את התפילין של יד על זרוע מיוזעת ואת התפילין של ראש על ראש רטוב. בעת הוצאת התפילין מתוך הנרתיק כדי להתפלל ובעת החזרתם לנרתיק יש להיזהר שלא יקבלו מכות בפינות הבתים.
להגנה יעילה על התפילין מומלץ לרכוש בעוטר ישראל מגינית. המגינית שומרת על התפילין מפני לחות, ומכות. המגינית מומלצת לשימוש לכל אחד, אלא שהיא נחוצה במיוחד לחיילים, למטיילים ולאלה הנוהגים לשמור את התפילין במכונית.