בדיקה על ידי מגיה מומחה - צריך שמגיה מומחה, שהוסמך לבדיקת סת"ם, יבדוק שאין שמץ של טעות בצורת אף אות שכן אפילו אם אות אחת בלבד אין לה את הצורה שנקבעה לה בהלכה הכל פסול. המומחה צריך גם לעבור ולערוך בדיקת "חסרות ויתרות", דהיינו, שלא תחסר אף אות ולא תהיה אף אות מיותרת. על המגיה לבדוק גם שאין נגיעות של אות באות, אין אותיות סדוקות והצבע של האותיות אכן שחור. בדיקות אלו אין המחשב יכול לבצע.
בדיקת מחשב - בדיקת המחשב נותנת תשובה אבסולוטית ל(אותיות) "חסרות" ול(אותיות) "יתרות" והיא כלי עזר חשוב למגיה. %83 מספרי התורה שעברו בדיקת מחשב נמצא בהם פסול. נתון זה ממחיש את חשיבותה של בדיקה זו.
ב"עוטר ישראל" עובר כל פריט בדיקה יסודית בשני התהליכים הנזכרים, גם בדיקת מומחה וגם בדיקת מחשב. המוניטין שיצאו לחברה כספק אמין של מוצרי סת"ם כשרים ומהודרים נובעים, בין היתר, מהפעלה רצופה וקפדנית של מערכת משולבת זו של בקרת איכות ואבטחתה.